Sequenziare il DNA con una penna USB e un software Open Source.



Abbiamo fatto passi da gigante nella #sequenziamento del #genoma umano, processo che necessitava di anni, poi ridotto a 15gg e ad oggi 3gg di carico #computazionale.


In termini di tempo, il processo più efficace è quello dei #nanopori, mediante mappatura in tempo reale, chiamato anche #UNCALLED.


"L'idea è nata circa 30 anni fa, e la leggenda è che il primo #diagramma è stato disegnato su un #tovagliolo", dice il Prof. Michael #Schatz di Informatica e #Biologia alla Johns #Hopkins.


Immaginate un buco così piccolo dove può passare un singolo filamento di #DNA alla volta. Spingete il materiale genetico nel foro e le basi che compongono il genoma umano verranno decodificate in #sequenza.


Il software ha fatto passi da gigante in questo campo, il prof. Scharz aggiunge "C'è così tanto vantaggio dall'essere in grado di #condividere il #codice #sorgente in questo campo in modo collaborativo" e aggiunge che l'open source ha aiutato nella definizione di #algoritmi facilmente manitenibili rispetto ad un software proprietario e quindi chiuso.


#redhotcyber #cybersecurity #technology #hacking #hacker


https://stackoverflow.blog/2021/02/03/sequencing-your-dna-with-a-usb-dongle-and-open-source-code/